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[ 引言 ] 虽然目前dask,函数cudf等包的出现,使得我们的加速数据处理大大得到了加速,但是百倍并不是每个人都有比较好的gpu,非常多的函数朋友仍然还在使用pandas工具包,但有时候真的加速很无奈。
我们以Apply为例,百倍原始的函数Apply函数处理下面这个问题,需要18.4s的加速时间。
import pandas as pd
import numpy as np
df = pd.DataFrame(np.random.randint(0,百倍 11, size=(1000000, 5)), columns=(a,b,c,d,e))
def func(a,b,c,d,e):
if e == 10:
return c*d
elif (e < 10) and (e>=5):
return c+d
elif e < 5:
return a+b
%%time
df[new] = df.apply(lambda x: func(x[a], x[b], x[c], x[d], x[e]), axis=1)
CPU times: user 17.9 s, sys: 301 ms, total: 18.2 s
Wall time: 18.4 s
2. Swift加速因为处理是并行的,所以我们可以使用Swift进行加速,云服务器函数在使用Swift之后,加速相同的百倍操作在我的机器上可以提升到7.67s。
%%time
# !pip install swifter
import swifter
df[new] = df.swifter.apply(lambda x : func(x[a],函数x[b],x[c],x[d],x[e]),axis=1)
HBox(children=(HTML(value=Dask Apply), FloatProgress(value=0.0, max=16.0), HTML(value=)))
CPU times: user 329 ms, sys: 240 ms, total: 569 ms
Wall time: 7.67 s
3. 向量化使用Pandas和Numpy的最快方法是将函数向量化。如果我们的加速操作是可以直接向量化的话,那么我们就尽可能的百倍避免使用:
for循环; 列表处理; apply等操作在将上面的问题转化为下面的处理之后,我们的时间缩短为:421 ms。
%%time
df[new] = df[c] * df[d] #default case e = =10
mask = df[e] < 10
df.loc[mask,new] = df[c] + df[d]
mask = df[e] < 5
df.loc[mask,new] = df[a] + df[b]
CPU times: user 134 ms, sys: 149 ms, total: 283 ms
Wall time: 421 ms
4. 类别转化+向量化我们先将上面的类别转化为int16型,再进行相同的b2b供应网向量化操作,发现时间缩短为:116 ms。
for col in (a,b,c,d):
df[col] = df[col].astype(np.int16)
%%time
df[new] = df[c] * df[d] #default case e = =10
mask = df[e] < 10
df.loc[mask,new] = df[c] + df[d]
mask = df[e] < 5
df.loc[mask,new] = df[a] + df[b]
CPU times: user 71.3 ms, sys: 42.5 ms, total: 114 ms
Wall time: 116 ms
5. 转化为values处理在能转化为.values的地方尽可能转化为.values,再进行操作。
此处先转化为.values等价于转化为numpy,这样我们的向量化操作会更加快捷。于是,上面的操作时间又被缩短为:74.9ms。
%%time
df[new] = df[c].values * df[d].values #default case e = =10
mask = df[e].values < 10
df.loc[mask,new] = df[c] + df[d]
mask = df[e].values < 5
df.loc[mask,new] = df[a] + df[b]
CPU times: user 64.5 ms, sys: 12.5 ms, total: 77 ms
Wall time: 74.9 ms
通过上面的一些小的技巧,我们将简单的Apply函数加速了几百倍,具体的:
Apply: 18.4 s Apply + Swifter: 7.67 s Pandas vectorizatoin: 421 ms Pandas vectorization + data types: 116 ms Pandas vectorization + values + data types: 74.9ms随机阅读
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